Honduras ligger over to tektoniske plater (kontinentalplater), og nær grensen til en tredje. Hele regionen har vokst frem som resultat av vulkansk aktivitet mellom disse platene. Dette forårsaker en høy jordskjelvsaktivitet i Honduras. Landet har imidlertid ikke så høy vulkansk aktivitet som av sine naboland. Honduras opplever ofte svake rystninger, siste store jordskjelv med dramatiske følger rammet landet i 2009 med et skjelv som målte 7,1 på Richters skala.
Honduras sin posisjon mellom den Karibiske Gulf og Stillehavet gjør det også spesielt utsatt for tropiske regnstormer og orkaner med påfølgende flom og jordskred, særlig under regntiden (mai - november). De siste store naturkatastrofene landet har opplevd er orkanen Mitch i 1998, og regnstormen Stan i oktober 2005. Landet er også påvirket av værfenomener som "El Niño" og "La Niña." Se temasidene til NOAA, for mer informasjon.