El Salvador er det eneste Mellomamerikanske landet som kun har kystlinje mot Stillehavet. Landet ligger over subduksjonsonen mellom to tektoniske plater som forårsaker høy jordskjelvs- og vulkansk aktivitet. Landet opplever ofte svake rystninger, siste store jordskjelv med dramatiske følger rammet landet i 2001 og var den verste naturkatastrofen i El Salvadors historie. Skjelvet berørte 20 % av befolkningen, og 500 mennesker ble drept.
Det er mange vulkaner i landet, 6 av de utviser meget høy aktivitet. Det siste store utbruddet skjedde i 2005, vulkanen Santa Ana.
El Salvador sin plassering ved stillehavet forårsaker høy risiko for kraftige klimavariasjoner, fra ekstrem tørke til ekstrem nedbør. Disse variasjonene blir ofte forsterket av værfenomener som "El Niño" og "La Niña". Landet har et tropisk klima med regntid mellom mai og oktober. Denne perioden utviser også høyere risiko for orkaner som dannes i Stillehavet. Landet ble hardt rammet av Orkanen Mitch i 1998, og av den tropiske regnstormen Stan i 2005.
Det Salvadoreanske Generaldirektoratet for Sivil Beskyttelse legger ut aktuell informasjon om både lokale og nasjonale krisesituasjoner, se hjemmesiden for mer informasjon.
For mer informasjon om fenomenene El Niño og La Niña, se temasidene til NOAA.